办公室
　　协助局领导组织管理机关日常工作，协调机关各科室的工作关系，制定机关管理工作制度，起草重要文件和报告；负责会议组织、文件处理、信息、档案、保密、计划生育及机关行政事务管理工作；负责局机关内部保卫工作。

水政水资源科
　　负责组织实施《水法》、《安徽省实施(水法>办法)等水法律、法规及水政监察，监督检查全市水利和执法工作；组织起草有关规范性文件，承担水行政复议工作；负责全市城乡地表水和地下水水资源的统一管理与保护，对全市河道采砂实施监管；实施、指导水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；指导全市计划用水、节约用水和城市供水水源规划工作；组织协调处理水事纠纷。

计划基建科
　　组织编制全市水利发展中长期发展规划、年度计划；组织编制流域综合规划和专项规划；按照有关规定承办水利基建项目建议书和可行性研究报告的审查和申报工作；组织实施国家有关水利基本建设的法规、政策及质量标准；指导重点及跨县、区水利工程的建设与组织验收；指导监督水利工程施工招投标工作；负责全市水利工程的质量监督、检测工作；负责全市水利综合统计工作；负责水利科技工作、指导水利系统安全生产工作。

农水科
　　组织指导全市农村水利工作；组织、指导全市农田水利基本建设；指导全市小型水库及机电泵站管理工作；指导全市节水灌溉和缺水地区的人畜饮水工作；指导全市农村水利社会化服务体系建设；负责全市水土保持工作；研究拟定水土保持规划、措施并组织实施；组织全市水土流失的监测和综合防治；组织、指导全市水土保持重点治理区的工作。

财务科
　　贯彻实施有关水利的价格、税收、信贷、财务政策和会计法规；对金市水利建设资金的使用实施监管；指导全市水利系统的财务及国有资产的保值、增值；指导局直属单位的财务和会计工作。对局属单位国有资产管理和保值增值实施监督。

人事科
　　承担局机关、直属事业单位的人事编制管理工作，负责水利行业宣传教育工作；负责机关及直属事业单位离退休人员管理工作。